某市市中心有一污染严重的工厂，占地3.2hm2，依据经市政府批准的该地区控制性详细规划，该厂应搬迁，拟改为商业用地。厂方根据控制性详细规划提出的改建方案经城市规划行政主管部门初审并认为可行。然后，厂方根据初审方案找到了一个投资方，并与其签订了出让协议。投资方未办理规划管理审批手续即开工建设。在完成基础和地下一层结构工程时，受到城市规划行政主管部门查处。
【问题】
城市规划行政主管部门应如何处理该工程？投资方应办理哪些审批手续？
（1）城市规划行政主管部门应责令停工、罚款、补办手续。
（2）投资方应申请变更用地性质，到发展与改革委员会立项，报送方案，并且到土地局办理土地有偿出让手续，办理《建设项目选址意见书》、《建设用地规划许可证》、《建设工程规划许可证》。
【解析】
问题在于尽管规划初审通过，但未最终确定，在此情况下工厂与投资方出让协议，投资方未按流程办理审批手续即开工建设，并导致事实的土地使用性质变更。因此对其处理首先要停止施工，然后对违法建设评估后进行处罚。由于已完成基础和地下结构，用地性质变更已成为事实，因此应补办变更手续。因投资方是擅自开工建设，未进行项目立项、方案报批，因此应补办一书两证。另外，厂方与投资方签订土地出让协议还需经土地局备案。
