某公司拟在城市规划区内建设一座面积为1万m2的综合楼。该项目经过市规划行政主管部门批准，取得了建设工程规划许可证，该公司委托一家甲级设计单位进行施工图设计，对原设计方案的总平面布局做了调整，增加了建设面积2500m2。该设计单位负责人几次向该公司催要相关部门的批准文件，但一直未得到。在该公司的再三催促下，该设计单位完成了施工图设计，两年后工程竣工，在工程竣工验收时，被城市规划行政主管部门认定为违法建设。 该项目为何被认定为违法建设？请结合案情提出处理意见。
认为违法建筑主要理由： 1.未经批准，擅自调整总平面图。属于改变建筑工程许可的违法建筑行为。 2.按擅自变更的总平面图进行施工图设计，属于违法设计。 处理意见： 1.按照规划的规定，应该对设计单位进行处罚。 2.规划部门应对建设单位进行处罚。 3.如确需修改规划许可内容，应依法重新报批。
