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据查，扣留吴爱华工厂的特殊工种用工许可证的法律依据是该省人大常委会通过的一个立法文件，该扣留行为是否合法？理由是什么？

扣留行为不合法。地方性法规增加法律未规定的新的处罚种类，行政机关实施行政处罚应适用法律而不能适用地方性法规。劳动局工作人员扣留了吴爱华的“特殊工种用工许可证”，法律依据是该省人大常委会通过的一个立法文件，是地方性法规，不是法律，不合法。