甲市A区的王某到甲市商业银行存款，因工作人员疏忽，在存款单上误将王某所存金额打印成16万元，而王某实际所存金额仅为16000元。后储蓄所工作人员发现，便找到王某要求改正存款单，但王某不同意。于是甲市商业银行向A区人民法院起诉王某，要求王某返还存单进行更改。A区法院经过审查，认为银行目前并未发生损失，决定对该案不予受理。此后，王某向A区人民法院起诉甲市商业银行，要求其按照存款单上的金额支付其16万元人民币。在法院组织的庭前会议中，双方当事人进行了证据交换，甲市商业银行提交了该银行柜台工作人员李某的证言，证实其将王某所存金额打印错误，王某对该证据予以认可。但在一审庭审过程中，王某表示不认可该证人证言的真实性。庭审结束之后，判决作出之前，甲市商业银行向A区法院提出反诉，要求法庭认定王某的存款数额为16000元，载明16万元的存款单无效。法院一审判决王某败诉，王某不服提起上诉。二审中，双方达成调解协议，银行补偿王某5000元，而王某则同意不再追究此事。经双方申请，法院根据调解协议制定了判决书，送达双方。请问： (1)对于甲市商业银行的起诉，A区法院的做法是否正确? (2)王某在庭审中不认可李某证言的真实性，法院应如何处理? (3)在一审中，甲市商业银行的反诉能否被接受?应如何处理?为什么? (4)二审中，法院结案的方式是否正确，为什么? (5)如果甲市商业银行在二审中才提出反诉，二审法院应如何处理?
(1)A区法院的做法不正确。第一，根据《民事诉讼法》第123条、第154条第1款第1项的规定，不予受理应该以裁定的形式作出。决定不予受理是错误的。第二，法院在立案阶段不应对实体问题进行审查，更不应以实体问题的判断作为是否立案的依据。(2)根据《民诉解释》第229条的规定，王某在庭前会议中认可该证据的真实性，在庭审中又提出不同意见，人民法院应当责令其说明理由。必要时，可以责令其提供相应证据。人民法院应当结合当事人的诉讼能力、证据和案件的具体情况进行审查。理由成立的，可以列入争议焦点进行审理。 (3)甲市商业银行在一审中的反诉不能被接受。根据《民诉解释》第232条的规定，反诉必须在法庭辩论结束前提出，故反诉不能成立。甲市商业银行可以另行起诉。 (4)不正确。根据《民诉解释》第148条第1款的规定，当事人自行和解或者调解达成协议后，请求人民法院按照和解协议或者调解协议的内容制作判决书的，人民法院不予准许。但人民法院可以根据双方当事人达成的调解协议，制作调解书，调解书具有和生效判决相同的效力。 (5)根据《民诉解释》第328条的规定，在第二审程序中，原审被告提出反诉的，第二审人民法院可以根据当事人自愿的原则就反诉进行调解，调解不成的，告知当事人另行起诉。双方当事人同意由第二审人民法院一并审理的，第二审人民法院可以一并裁判。
