某市城市规划区的东南部，按照批准的总体规划方案，有一个约60公顷的城市规划绿地。某科研单位与当地村委会签订协议，在规划绿地内(现在为耕地)占用3公顷土地建设住宅，补偿费用1000万元。一年后建成多层住宅五栋，建筑面积25000平方米，该科研单位在分房的过程中，有职工向城乡规划行政主管部门举报该单位领导搞违法建设，要求查处。经查后，城乡规划执法人员认为，该科研单位和村委会对农村集体土地进行变相买卖，违法侵占耕地，同时也未报城乡规划行政主管部门审批，没有办理建设用地规划许可证和建设工程规划许可证，即强行占地、建设，属于违法建设，且侵占规划绿地，严重影响城市规划，违法事实清楚，不用再找当事人调查。于是根据《城乡规划法》第六十四条规定，对违法建设作出予以没收的行政处罚决定，并经部门领导批准发出了行政处罚决定书。送达后，科研单位不服该行政处罚，向人民法院提起诉讼，经法院审理，判决城乡规划行政主管部门败诉。 【问题】 试分析：败诉的原因是什么？城乡规划主管部门应该如何正确处理此案？
（1）败诉的原因是：该城乡规划主管部门作出的行政处罚行为不符合《行政处罚法》第四十二条“行政机关作出责令停产停业、吊销许可证或者执照、较大数额罚款等行政处罚决定之前，应当告知当事人有要求举行听证的权利；当事人要求听证的，行政机关应当组织听证”的规定，即没有严格按照《行政处罚法》规定的程序作出处罚决定，属于程序败诉。 （2）城乡规划主管部门应按照《行政处罚法》规定的程序对该科研单位的违法建设行为进行调查，即应当派两名以上工作人员进行调查、询问、搜集证据，依当事人申请组织听证程序后，经集体讨论作出处罚决定，并将行政处罚决定书送达该科研单位。 占用规划绿地进行建设，属于无法采取改正措施消除对城乡规划实施影响的情况，规划部门应当作出限期拆除的决定，并可以对该科研单位处建设工程造价l0％以下的罚款。 行政处罚决定作出后，在法定期限内，当事人逾期不申请复议，也不向人民法院起诉，又不履行处罚决定的，城市规划行政主管部门应当申请人民法院强制执行。
